Génétique de populations de gorilles - Rennes

ABG-18562 : Capacités de récupération et variabilité génétique de populations de gorilles de plaine de l’Ouest après un crash démographique Station Biologique de Paimpont/Univ. Ren, France

Date de diffusion : 04/05/2007
Date de première diffusion : 04/05/2007
Date de fin de parution prévue : 04/07/2007


POSTE A POURVOIRUMR6553, Ecosystème, Biodiversité, Evolution
CNRS/Univ. Rennes1
Contact : nelly.menard@univ-rennes1.fr

Contexte socioéconomique et scientifique :
L’étude à long terme de la dynamique de populations de gorilles de plaine au Congo a permis de détecter le passage d’épidémies à virus Ebola entre 2001 et 2004. Ces populations font partie des plus grandes d’Afrique et parmi les plus denses connues (jusqu’à 10ind./km2). Les gorilles présentent une sensibilité au virus Ebola comparable à celle de l’homme avec plus de 90% de mortalité des individus atteints. Les crashs démographiques induits par l’épidémie peuvent s’accompagner d’une réduction drastique de la diversité génétique des populations et de leurs potentialités adaptatives. De plus, la maladie a touché la population du PNO de façon irrégulière, induisant potentiellement une fragmentation. La maladie a atteint préférentiellement les femelles et les immatures, c'est-à-dire le potentiel reproducteur de la population. L’étude proposée s’inscrit dans un projet de recherche qui a reçu des financements pour 3 ans (programme ECOFOR, Min. Env., collab. Univ. Barcelone, Univ. Cambridge).

Sujet
Les hypothèses et questions posées
Objectifs :- estimer les capacités de récupération des populations;- estimer l’impact des crashs démographiques sur la variabilité génétique neutre et fonctionnelle et sur la redistribution des gènes dans les populations. Les capacités de récupération de la population dépendront notamment des capacités des animaux à recoloniser les zones vacantes et à refonder de nouveaux groupes reproducteurs. Au niveau génétique, il conviendra de tester si les patterns de dispersion et de reproduction de l’espèce peuvent pallier l’effet de goulot d’étranglement initial. On peut s’attendre à une redistribution spatiale progressive des animaux entre zones affectées et zones non affectées. Si des zones vacantes persistent, la fragmentation pourrait induire une structuration importante par dérive génétique. Comme Ebola affecte préférentiellement les femelles, on estimera l’impact des épidémies sur les tailles efficaces mâles et femelles des populations. Nous analyserons également la relation entre la relation entre la diversité de marqueurs impliqués dans les réponses immunitaies (système MHC) et l’impact de la maladie.

Les grandes étapes de la thèse et démarche
Le candidat disposera d’informations sur la dynamique des populations étudiées avant les épidémies (entre 3 et 5 ans selon les sites), pendant et après les épidémies (entre 3 et 5 ans selon les sites). Il devra compléter cet échantillon par un bilan démographique au cours de l’année 2008. Plus de 600 échantillons de fèces d’individus différents provenant de plusieurs sous populations en période pré et post épidémique sont disponibles au laboratoire et leurs analyses génétiques sont en cours. L’étudiant devra compléter cet échantillonnage lors de missions sur le terrain après avoir réalisé un plan d’échantillonnage adéquat par rapport aux questions posées. Des développements seront mis au point pour optimiser les temps d’analyses. L’exploitation des résultats se fera ensuite à l’échelle locale des sous-populations focales et à l’échelle régionale de l’ensemble de la population du Parc. L’accent sera mis sur l’interrelation entre ces deux niveaux et sur le rôle des modes de dispersion des mâles et des femelles pour expliquer l’impact des épidémies sur la distribution des gènes. Des séjours au lab. de L. Knapp (Spécialiste du système MHC chez les grands singes, Univ. de Cambridge) sont prévus pour les analyses relatives aux marqueurs du système MHC.

Approches méthodologiques et techniques envisagées
Partie démographique : identification des individus composant les populations focales, dénombrement et composition des unités sociales, prise en compte des événements dynamiques. Partie génétique : extractions d’ADN à partir de fèces de gorilles déjà mises au point au laboratoire. Analyses de marqueurs microsatellites sur des échantillons de fèces. 15 marqueurs autosomaux testés au laboratoire avec succès. Mises au point de PCRs en multiplex.Ll’ADN mitochondrial et des marqueurs du chromosome Y seront utilisés pour pouvoir différencier le rôle relatif des mâles et des femelles. Analyses à partir du gène de l’amélogénine pour préciser le sexe des individus échantillonnés.


Le candidat devra avoir des connaissances sur les concepts théoriques qui traitent des stratégies de dispersion et de reproduction chez des espèces sociales. Il devra posséder des bases théoriques et pratiques en génétique des populations. Le candidat sera capable d’effectuer des observations sur les animaux en milieu tropical et de réaliser un plan d’échantillonnage.

Nature du financement : Financement public type bourse
Précision sur le financement : bourse MENRT


MODALITE DE DEPOT DE CANDIDATUREse renseigner auprès du site de l'Ecole Doctorale Vie Agro Santé pour les modalités de candidature
http://www.vas2.univ-rennes1.fr/
Lors de vos contacts, merci de mentionner l'association Bernard Gregory et la référence de cette offre